用不了AlphaFold2？北鯤云高性能計算平臺解決這個(gè)

蛋白質(zhì)生物細胞內的機器，要想知道 “機器”的工作過(guò)程，就要先了解其結構和組成。比如說(shuō)，如果想要知道某個(gè)蛋白在疾病當中有什么作用的話(huà)，就需要了解他的結構，再通過(guò)設計藥物分子來(lái)抑制它的功能，降低機器的工作效率。在研究基因調控，蛋白結構和功能的時(shí)候，重組蛋白表達技術(shù)是關(guān)鍵的一環(huán)，但用什么實(shí)驗可以破解蛋白質(zhì)的結構，想要破解一個(gè)其中需要耗費的人力和物力都是巨大的，在全世界的努力下，才解析了 5萬(wàn)個(gè)人類(lèi)蛋白質(zhì)結構，只占了人體蛋白質(zhì)總數的35%，其未來(lái)需要做的工作量依舊很巨大。

在歷史上蛋白質(zhì)預測已經(jīng)走過(guò)很長(cháng)的一段路了，每?jì)赡甑鞍踪|(zhì)結構預測比賽都已經(jīng)舉辦有二十多年了，在這個(gè)過(guò)程中每個(gè)參賽組別之間的差距只有百分之幾，慢得幾乎看不出來(lái)變化，直到 2018年的時(shí)候，第一名以領(lǐng)先第二名近20%的成績(jì)轟動(dòng)世界，AlphaFold正式登上蛋白質(zhì)結構預測的舞臺。

AlphaFold主要是通過(guò)預測蛋白質(zhì)主鏈和氨基酸之間的距離，分布，然后用預測的結果構建打分函數，再用片段組裝的方法推導蛋白質(zhì)結構。也就是這種方式點(diǎn)燃了整個(gè)行業(yè)的熱情，用春雨驚雷般的氣勢，注入了勃勃生機。

如今， AlphaFold2向社會(huì )免費提供所有的蛋白質(zhì)預測結果，這是造福全世界的一項舉動(dòng)，各個(gè)國家的科研人員都可以節省預測時(shí)間，從而有更多的時(shí)間分析結構，進(jìn)行藥物設計。盡管如此，另外一個(gè)難題擺在眾多科研人員的眼前，數據庫有了，但怎么能夠從里面快速，方便地找到自己需要的數據呢？

因為數據龐大 AlphaFold2對于配置的要求非常高，3T以上的硬盤(pán)，12個(gè)虛擬的CPU，至少85GB的內存，一個(gè)價(jià)值至少在7萬(wàn)元的Nvidia A100，面對這些重重困難，研究人員應該如何使用AlphaFold2呢？

北鯤云超算平臺協(xié)助解決這個(gè)問(wèn)題，如今北鯤云超算平臺已經(jīng)成功上線(xiàn) AlphaFold2，無(wú)需安裝，在瀏覽器就可以直接使用，并且在啟動(dòng)工作站的同時(shí)，加載AlphaFold2模板，隨之開(kāi)始進(jìn)行蛋白質(zhì)結構預測。

北鯤云高性能計算平臺還部署 Nvidia A100 和Nvidia V100 GPU，保障蛋白質(zhì)預測工作的高速完成。而平臺貼心的7*24小時(shí)服務(wù)更是讓使用無(wú)憂(yōu)，無(wú)論在什么時(shí)候使用發(fā)現問(wèn)題，都可以尋求幫助，讓科研順利進(jìn)行。