隨著(zhù)生物醫藥和 高性能計算 的迅猛發(fā)展、高通量手段的成熟,生物醫藥行業(yè) 研究 數據急劇膨脹, 這些 數據離不開(kāi) 高性能 計算 。 高性能計算 除了擁有超強的計算能力,還具備高速定制網(wǎng)絡(luò )、快速多級存儲、靈活的云平臺等特質(zhì),可以有效解決計算密集型 、 通信密集型 、 存儲密集型 這三 類(lèi)生物醫藥大數據問(wèn)題 。 除了高性能計算之外,近幾年興起的云計算,也可以達到形同的作用。近兩年在藥物研發(fā)領(lǐng)域初露鋒芒的北鯤云超算平臺,就取得了業(yè)內不少的好評。 借助 北鯤云超算平臺不僅 可以加速藥物篩選和分子分析,使新藥的研發(fā)周期大幅縮短,并且在基因工程、藥物設計等領(lǐng)域發(fā)揮著(zhù)越來(lái)越大的作用。
比 如 , 從 上世紀 90年代開(kāi)始“人類(lèi)基因組計劃”、“克隆”、“生物芯片”等內容,人類(lèi)第一次完整全基因組的測序花了13年,在高性能計算的加持下,這個(gè)時(shí)間如今已經(jīng)降低到1天以?xún)?。還有 近年來(lái) PD-1信號通路的發(fā)現 , 使得人類(lèi)在戰勝癌癥的道路上更近了一大步、誘導多能干細胞 iPSC技術(shù)和基因編輯技術(shù)!CRISPR(使得I型糖尿病有望得到根治) 以及去年 嚴重的疫情,更多的樣本集、更快的數據提煉,可以 幫助 更快的研發(fā)生產(chǎn)出疫苗;等眾多科研成果都證明了 高性能計算在 生物工程 中 的重要性。
云計算的興起還改變了科學(xué)家獲取算力、享受超算服務(wù)的方式,比如北鯤云超算平臺。不僅 能夠 幫助科研人員 在云上搭建高性能集群系統,滿(mǎn)足藥物研發(fā)人員對 高性能 計算 資源 的需求。
除 此 之 外, 北鯤云超算平臺接入了 規模龐大且靈活云上算力 資源 , 研究人員 可以 根據自身研究項目的大小 按需購買(mǎi) 算力資源 ,不用擔心 經(jīng)費問(wèn)題以及 被算力規模限制了研發(fā)速度 的問(wèn)題 。
我們知道,藥物研發(fā)是一個(gè)非常復雜的過(guò)程,因此也非常耗時(shí),藥物篩選只是流程前期一個(gè)環(huán)節。例如,在研制疫苗時(shí)期,需要首先尋找跟蛋白病毒酶結合的小分子,由于存在不同種類(lèi)或研究機構的配體(小分子)庫,配體(小分子)庫數量巨大,每個(gè)配體庫的配體數量成千上萬(wàn),甚至更大,通過(guò)實(shí)驗方式一一測試驗證顯然不能在短時(shí)間內找到合適的匹配藥物。只有通過(guò)計算機數值模擬進(jìn)行篩選,對不同配體的結合效果進(jìn)行打分,篩選結合模式合理的一些配體作為候選藥物,然后再進(jìn)行實(shí)驗驗證,這樣才能夠有效加速藥物的研究進(jìn)程。
北鯤云超算平臺提供的就是這樣一種服務(wù),要實(shí)現藥物的高效率篩選,還需要我們前文提到的 高通量手段 , 這也是北鯤云超算平臺為藥企提供的一站式解決方案之一。
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